Atsız’ın evinde yapılan aramadan Türkeş’in mektuplarının, yazılarının ele geçmesi büyük bir suç delili sayılmış, o sıra Erdek’te vazifeli olan genç üsteğmen Türkeş’in evi aranmıştı ve Türkeş tutuklanmış ve 13 Haziran 1944 günü Tophane’de Merkez Kumandanlığı cezaevinde bir hücreye hapsedilmiştir. Türkeş, Erdek’teki evinden alınıp Merkez Kumandanlığı hapishanesine niçin kapatıldığını öğrenememiştir. Yattığı yer dar, pis ve karanlıktır. Tepesinde yirmi beş mumluk, kalın toz tabakasıyla kaplı bir ambul sarkmaktadır. (…) Genç üsteğmen Türkeş, günler geçtiği halde suçunu öğrenememiştir. Dilekçe üzerine dilekçe yazar. Tutuklandıktan tam dört ay sonra sorguya çağrılmıştır. Bu süre içerisinde kendisine aylık ödenmez. Türkeş, müfrit İnönücü sorgu hakimi Kazım Alöç’ün karşısına çıkarıldığında daha da şaşıracaktır çünkü hakim: “Yeminli ve gizli cemiyet bulunduğundan, cemiyetin gayesinin mevcut iktidarı devirmek olduğundan” bahsederek, bunlar hakkında bildiğini anlatmasını ister. Nihat Atsız, Zeki Velidi Togan, Hasan Ferit Cansever gibi memleketin tanınmış milliyetçilerinin “gizli örgüt” mensubu olduklarını ispat etmesi gerekmektedir. Türkeş’in önüne kalem kağıt konur. Kağıda şunları yazmıştır:
“Var olduğu iddia edilen gizli cemiyet yoktur. Tabanca üzerine yemin ederek de etmeyerek de hiçbir cemiyete girmiş değilim. Nihal Atsız bana bir telkinde bulunmadı. Esasen yaşım ve seviyem telkinlere kapılmaya müsaade etmez. Türklük konusunda şahsi kanaatim şudur: Devletin bütün önemli idare kademelerinde iyi yetişmiş milliyetçi Türklerin bulunması gereklidir. Türkiye sınırları dışındaki Türklerle de ilgilenmek lazımdır. Ben, sınırlarımız dışındaki Türklerin yabancı boyunduruğundan kurtulmasını, hür, müstakil ve müreffeh olmasını isterim.”
Başbuğ Türkeş ve Dokuz Işık, hzr: İlhan Bahar, Kamer Yayınları, s.15-16.