Barbaros, daha işin başında ipleri sıkı tuttu. İspanyol donanmasının geri dönmesinden hemen sonra Yavuz Sultan Selim’e elçi ve hediyeler göndererek desteğini istedi. Yavuz Sultan Selim de Barbaros’un talebini geri çevirmeyerek Hızır Reis’e “Cezayir Sultanı” unvanını verip, kendisinin bölgedeki hakimiyetini tanıdı. Hatta bazı kaynakların ifadesiyle durumu resmileştirmek amacıyla Cezayir’e bir yeniçeri kıtası da gönderdi. Kısa bir süre sonra talih Barbaros’a bir kez daha Andrea Doria ile kozlarını paylaşma fırsatı verdi. Cezayir’e gönderilen bir Haçlı filosunun içinde, emrindeki 14 Ceneviz kadırgası ile Andrea Doria da yer aldı. Fakat donanma sahile çıkarma yapmak üzereyken kopan fırtına dengeleri altüst etti. Barbaros bazı Ceneviz gemilerini fırsattan istifade ile zapt edip çok sayıda Cenevizli’yi esir alarak bu tehlikeyi atlattı. Böylelikle Doria’ya karşı olan ilk yenilgisini bir parça da olsun telafi etmiş oldu. İlerleyen yıllarda Barbaros, Cezayir’deki hakimiyetini pekiştirdi. 1531 yılına gelindiğinde Andrea Doria, Cezayir sahilindeki Barbaros’a bağlı Şerşel Limanı’na Hıristiyan esirlerin kurtarılması amacıyla bir sefer düzenledi. Doria, bu teşebbüsünde başarılı olmakla birlikte, yüzlerce adamını da kaybetmiş, bir o kadarını da esir vermişti. Tüm bunların sonucunda şurası bir gerçekti ki artık Barbaros, Ceneviz’in en büyük amirali karşısında ciddi bir rakipti. Barbaros’un faaliyetleri Batı Akdeniz’i İtalyan denizcilere zehir ederken, Osmanlı hakimiyetinde olmasına rağmen Batılılar Doğu Akdeniz’de daha rahat hareket edebiliyorlardı. Bunun en temel sebebi Kanuni Sultan Süleyman’ın karadan yürütülen seferlere büyük önem vermesine rağmen deniz seferlerini aynı derecede önemsemiyor oluşuydu. Zaten kaptan-ı deryalık makamına devşirme kökenli ve denizcilikle alakasız kişilerin getirilmesinde hiçbir mahsur görülmemesi de bu durumun en açık göstergesidir. Kanuni’nin saltanatının ilk yıllarına rastlayan Rodos Seferi dışında denizlerde başarılı bir sonuç elde edilememişti. 1522’de Rodos’u ellerinde tutan ve Müslüman gemilerine saldırıp fırsat buldukça da Anadolu kıyılarını yağmalayan Rodos Şövalyeleri adadan çıkarılmıştı. Şövalyeler, ilerleyen yıllarda Malta’ya geçerek, Osmanlı donanmasının en amansız rakipleri arasında yer almaya devam edeceklerdir.