Melikşah’ın ölümünden hemen sonra Selçuklu devletinde Melikşah’ın oğulları arasında taht kavgaları başlamış ve devlet fetret devrine girmiştir. Melikşah’ın eşi olan Terken Hatun, halifenin onayını alarak 1092’de 4 yaşındaki oğlu Mahmut adına Bağdat’ta hutbe okutmuştur. Nizâmülmülk taraftarlarının desteklediği Melikşah’ın diğer oğlu Berkyaruk, kardeşiyle girdiği taht mücadelesini kazanarak tahta çıkmıştır ancak Terken Hatun, saltanatı ele geçirmek için önce Berkyaruk’un dayısı İsmail Yakuti’yi daha sonra da amcası Tutuş’u yönetime karşı isyana kışkırtmıştır. Ülkenin batısındaki bu taht mücadelelerini kazanan Berkyaruk, bu kez de devletin doğusunda isyan eden diğer amcası Arslan Argun’u bertaraf etmiş ve böylece hâkimiyetini pekiştirmiştir. Sultan Berkyaruk Dönemi’nin önemli olaylarından birisi de Haçlı Seferleri’nin başlamasıdır. Türkleri Anadolu’dan atmak ve Kudüs’ü ele geçirmek amacıyla Avrupa’dan harekete geçen I. Haçlı ordusu Antakya’ya kadar ilerleyerek burayı kuşatmış, şehrin valisi, Berkyaruk’tan yardım istemiştir. Berkyaruk, Musul emirini bu işle görevlendirmiş olsa da Musul emiri, Haçlılarla yapılan savaşı kaybetmiştir. Taht kavgaları nedeniyle Haçlı saldırılarına karşı yeterli mücadele yapılamamış ve bunun sonucunda Antakya’yı ele geçiren Haçlılar, Kudüs’e kadar ilerlemiştir. Sultan Berkyaruk’un ülkede iç düzeni sağlamasından sonra bu kez de kardeşi Mehmet Tapar 1099’da isyan etmiştir. Kardeşler arasında meydana gelen savaşlar sonucunda Azerbaycan sınır olmak üzere Büyük Selçuklu Devleti ikiye bölünerek batı kısmına Mehmet Tapar, doğu kısmında ise Berkyaruk sultan olmuştur. Sultan Berkyaruk, on iki yıl süren saltanatı boyunca sürekli taht kavgaları yaşamış ve 1104 yılında daha 25 yaşındayken ölmüştür.
Berkyaruk’un ölümünden sonra Mehmet Tapar 1105’te Selçuklu tahtına çıkmış ardından hanedan üyelerinin isyanlarını bastırarak Suriye ve civarındaki Haçlı devletleri ile mücadeleye girişmiştir. Ayrıca Sultan Mehmet Tapar, gittikçe gelişen ve devlet için tehdit hâline gelen Bâtınî faaliyetlerine karşı önemli tedbirler almış ve Bâtıniler üzerine seferler düzenlenmiş ancak Mehmet Tapar’ın 1118 yılında ölümü üzerine bu seferler sonuçsuz kalmıştır. Mehmet Tapar öldükten sonra kardeşi Sencer tahta geçmiştir. Sultan Sencer, Selçuklu Devleti’ni yeniden düzenleyerek “Sultan-ı Azam” unvanını alan Sencer zamanında Selçuklular, Gaznelilere ve Karahanlılara karşı yeniden hâkimiyeti tesis etmiştir. Karahanlı Hükümdarı Mahmut ile idaresi altındaki Türk boylarından olan Karluklar arasında çıkan anlaşmazlıkta Mahmut, Sultan Sencer’den yardım isterken Karluklar da Moğol kökenli Karahitaylardan yardım istedi. Selçuklu ve Karahitay orduları arasında 9 Eylül 1141’de meydana gelen Katvan Savaşı’nda hayatındaki ilk yenilgisini alan Sultan Sencer’in ordusu, bu savaşta tamamıyla dağılmış ve Karahitaylar bütün Maveraünnehir’i istila etmiştir.
Bu mağlubiyet Selçuklu Devleti ve İslam dünyası için ağır bir mağlubiyet olmuş ve Büyük Selçuklu Devleti yıkılma sürecine girmiştir. Sultan Sencer, bu süreçte ülkesinde yaşayan Oğuzlar ile vergi ödeme konusunda çıkan anlaşmazlık neticesinde Belh’te meydana gelen savaşı kaybederek 1153’te Oğuzlara esir düşmüştür. 1156’da esaretten kurtulan Sencer’in 1157 yılında ölmesiyle Büyük Selçuklu İmparatorluğu tarih sahnesinden çekilmiştir (Görsel 3.4.). Büyük Selçuklu Devleti’nin yıkılmasıyla ortaya çıkan devletler ve atabeylikler şöyledir:
