Tüketilmeden önce besinlerin pişirilme, konserveleme gibi herhangi bir işlemden geçirilmesi ya da dondurucuda tutulması, ilaç kalıntılarının kalış ve kaybolması üzerinde etkili olabilmektedir. Pişirme esnasında proteinlerde yıkımlanma, sıcaklığa ve pişirilme şekline bağlı olarak rutubet ve yağ kaybı ile pH’da değişim görülebilir; bu faktörlerden bir veya bir kaçına bağlı olarak ilaç kalıntılarının çözünebilirliği ya da miktarında değişiklik söz konusu olabilmektedir. Hayvansal ürünlerde rastlanabilecek veteriner ilaç kalıntıları için belirlenen İKAS değerleri pişmemiş veya işlem görmemiş ürünler için belirlenmiştir. Oysa, ürünlerin çoğu bir işlem gördükten sonra tüketilmektedir. Belirtilen nedenle işlem görmüş ürünlerdeki ilaç ya da diğer kimyasal madde kalıntılarının uğradığı değişikliklerin bilinmesi önemlidir. Yapılan az sayıdaki araştırmalar gıdalarda uygulanan çeşitli pişirme işlemleri ile farklı derece ve sürelerde soğukta depolamanın besinlerdeki ilaç kalıntı düzeylerini değiştirebildiğini göstermiştir. Bu ve benzeri veriler gıdalarda kızartma, haşlama gibi pişirme ile soğukta depolama işlemlerinin uygulanmasının kalıntı düzeyini azaltılabileceğini ve maruziyet riskini, işlem görmemiş ürüne göre en azından bazı ilaçlar yönünden azaltılabileceğini göstermektedir (Tablo 6.2).
