3.1. Doğal Sebepler Nedeniyle Oluşan Su Kirliliği: Suyun atmosfer, yerüstü ve yeraltı döngüsü sırasında doğal kirleticiler nedeniyle kirlenmesidir.
3.2. İnsani Faaliyetler Nedeniyle Oluşan Su Kirliliği: Suyun atmosfer, yerüstü ve yeraltı döngüsü sırasında insani faaliyetler sonucu ortaya çıkan kirleticiler nedeniyle kirlenmesidir. Günümüzde bu tür kirlenme daha ciddi boyutlara ulaşmıştır. Neredeyse tüm su kaynakları ve suyun temas ettiği toprak, mikro ve makrocanlılar olumsuz yönde etkilenmektedir.
3.2.1. Evsel Kirlenme: Konutlarda ve işyerlerinde mutfak, kişisel temizlik, banyo, tuvalet vb. kaynaklı atıklar nedeniyle suyun kirlenmesidir. Uygun şekilde toplanmayan evsel katı atıklar ve kanalizasyon sistemi olmayan yerlerdeki evsel sıvı atıklar yerüstü ve yer altı sularını kirletirler. Foseptik atığı içermeyen duştan, küvetten, çamaşır, bulaşık yıkama ve lavabodan gelen evsel atıksulara “gri su”; tuvalet ve pisuardaki idrar kaynaklı sulara “sarısu”, dışkı ağırlıklı tuvalet sulara ise “kahverengi su” adı verilmektedir. Uygun bir katı ve sıvı atık yönetim sistemleri kurulması yeraltı ve yerüstü su kaynaklarını da koruyacaktır.
3.2.2. Endüstriyel Kirlenme: Sanayi ve endüstride suyun insani faaliyetler yanında proses adı verilen, endüstri tesisinin faaliyetleri sırasında ortaya çıkan atıkların su ile atılması ve bu kirli atıksu ile diğer su ve çevre ögelerinin kirlenmesidir. Günümüzde tatlı su kaynaklarının kirlenmesinin en büyük sebebidir. Sıvı yağ fabrikaları, şeker fabrikaları, deri sanayi, kimya, petrokimya, lastik gibi sanayi kuruluşları başta olmak üzere birçok sanayi kuruluşu özellikle organize sanayi bölgelerinin yakınlarındaki tatlı su havzaları giderek artan bir hızda kirlenmektedir.
3.2.3. Tarımsal Kirlenme: Tarım ve hayvancılık faaliyetleri nedeniyle su ve su kaynaklarının kirlenmesidir. Özellikle tarımda kullanılan gübreler sulama, yağmur, rüzgar, erozyon vb. nedenlerle hem yeraltı ve yerüstü suların nitrat, fosfat gibi maddelerle kirlenmesine, hem de bu kirlilik bu maddelerle zenginleşme (ötrifikasyon) nedeniyle özellikle göl, gölet ve denizlerde sualtı bitkilerin aşırı büyümesine ve sucul yaşam ortamının değişmesine neden olmaktadır. Yine tarımsal amaçlı kullanılan böcek, kemirici, zararlı ot ve mantarlara karşı kullanılan ve pestisit adı verilen maddeler de yeraltı ve yerüstü sularını kirletebilmektedir. Hayvancılıkta kullanılan kimyasal içerikli besinler, hayvanların dışkı ve idrarları da su kaynaklarını kirletebilmektedir.
3.2.4. Isıl Kirlenme: Özellikle enerji santralleri ile nükleer santral tesisleri olmak üzere proseslerinde (işlemlerinde) kullanılan sıcak suyun atıksu olarak deşarjında, alıcı ortamın yani akarsu, göl veya denizin lokal veya genel olarak sıcaklığının artmasıdır. Suyun sıcaklığının artması doğal sucul yaşamın etkilenmesine neden olmakta, balıklar ve sucul bitkiler ölmekte ve o bölgede sucul canlı yaşamı sona erebilmektedir. Hatta ekolojik denge bile olumsuz yönde etkilenebilmektedir.