1591’den beri Osmanlı Devleti’ne ödemesi gereken vergiyi ödememesi ve sınır boylarında yaşanan saldırılar nedeniyle Avusturya’ya karşı sefere karar verilmiştir. Bölgede görevli olan Bosna beylerbeyinin, Hırvatistan topraklarına akınlar yaparken ölmesi, savaşı başlatan gelişme olmuştur. Böylece 1593’te başlayan ve Karadeniz’den Hırvat topraklarına kadar geniş bir cephede on dört yıl sürecek olan savaşlar başlamıştır. Osmanlı Devleti’nin Avusturya’ya savaş ilan etmesi üzerine papanın faaliyetleri sonucunda Avusturya, Erdel Prensliği, Eflâk ve Boğdan voyvodalıkları ile Lehistan gibi devletlerarasında Osmanlı’ya karşı bir Haçlı İttifakı oluşturulmuştur. 1594’te Viyana yolunda stratejik önemi olan Yanıkkale alınmışsa da Haçlı İttifakı karşı saldırıya geçmiş ve Estergon Kalesi’ni (Görsel 1.4) ele geçirmiştir. Bu gelişmeler üzerine yeniçeriler, tahta yeni çıkmış olan Sultan III. Mehmed’i bizzat sefere gitmeye zorlamıştır. Kanuni Dönemi’nde kuşatılan ancak alınamayan Eğri Kalesi’nin fethinden sonra 1596’da, Haçova’da yapılan meydan savaşında Osmanlılar, Avusturya ve Erdel’in oluşturduğu müttefik orduya karşı büyük bir zafer kazanmıştır. Bu zaferin kazanılmasında Osmanlı ordusunun gücünden ziyade Avusturya ordusunun disiplinsizliği etkili olmuştur. Haçova’dan sonra taraflar arasındaki mücadele on yıl daha devam etmiştir. Bu süreçte Avusturya, Yanıkkale’yi geri almış ve Budin’i kuşatmıştır. Bu savaş yılları, iki taraf arasında Estergon, Kanije ve Belgrad (Görsel 1.5) kalelerinin el değiştirmesi ve karşılıklı kuşatmalarla geçmiştir.
Anadolu’da yaşanan isyanlar ve Safevilerin 1603’te doğudan saldırıya geçmesi, Avusturya karşısında Osmanlıları zor durumda bırakmıştır. Buna karşın 1605’te Erdel’de, Osmanlı Devleti lehinde başlayan ayaklanma, Osmanlıların Avusturya’ya karşı güç kazanmasını sağlamıştır. Bu ayaklanmadan sonra Estergon, geri alınmıştır. Avusturya’nın, Macar topraklarındaki isyanlarla uğraşması ve Osmanlı Devleti’nin de doğuda Safeviler ile mücadeleye devam etmesi üzerine iki devlet arasında 1606 Zitvatorok Antlaşması yapılmıştır.
Zitvatorok Antlaşması, Osmanlı Devleti’ne dış politikada prestij kaybettirmişti. Bu antlaşma, Osmanlı Devleti’nin sadece Macaristan’da toprak kazanma amaçlarından vazgeçmesi anlamına gelmiyordu. Aynı zamanda Zitvatorok Antlaşması, Avusturya’nın ödemek zorunda olduğu vergilerin kaldırılmasını, Avusturya’nın büyük devlet seviyesine çıkmasını ve Osmanlı Devleti ile diplomatik protokolde eşit olmasını sağlıyordu. Avusturya ile süren uzun savaşlar, iki buçuk asırdan beri Balkanlar ve Orta Avrupa’yı hedefleyen Osmanlıların bundan sonra uygulayacağı politikaları da belirledi. Uzun savaşlar sonucunda imzalanan Zitvatorok Antlaşması ile birlikte Osmanlı Devleti artık Avrupa diplomasisinde mütekabiliyet esasını kabul etti. Bu süreçteki askerî seferler ve kuşatmalar, Batı’da Osmanlı Devleti’nin askerî gücünün eski seviyesinde olmadığı hakkında yeni kanaatlerin oluşmasına yol açtı. Aynı şekilde Osmanlılar da Batı’daki askerî yapıda meydana gelen teknik değişimleri fark etti. Uzun savaş yılları her iki taraf için de kazanç sağlamaktan ziyade yıpratıcı oldu. Bu süreçte dışarda Safeviler ve Avusturya, içerde de Celâli İsyanları ile uğraşan Osmanlılar, üç cephede birden mücadele etmek zorunda kaldı. Bu durum Osmanlı’nın uzun vadeli planlar yerine günü kurtarmaya yönelik pratik ve kısa vadeli siyaset üretmesine neden oldu.