Sınıflandırmada en önemli adımlardan birini, 17. yüzyılda John Ray attı. Ray, İngiltere’de, Essex’te doğdu. Annesi, oğlunun bitkibilime ilgisini teşvik eden, bitkilerle şifa dağıtmaya çalışan tanınmış bir şifacıydı. Ray, Oxford Üniversitesi’nde on yılı aşkın bir süre bitkibilim dersleri verdi, fakat dinsel nedenlerle ayrılmak zorunda kaldı. Sonra, Francis Willughby adında bir biyologla birlikte Almanya’yı dolaştı. 1660’ta İngiltere’ye döndükten sonra, Cambridge Çevresinde Yetişen Bitkiler başlıklı bir bitkibilim kataloğu hazırladı.
Ray, 1686 ile 1704 yılları arasında Bitkilerin Genel Dökükümü adında, 17.000 bitkiye yer verdiği bir kitap yazdı. Bitkileri sınıflandırmak için bu kitapta kullandığı sistem, bitkilerin meyvelerini, çiçeklerini ve yapraklarını temele alıyordu. Bu, Gesner’in hayvanları sınıflandırırken uyguladığı yönteme göre önemli bir ilerlemeydi. Gesner, hayvanların belirgin yanlarını tek tek sıralamakla yetiniyordu. Oysa Ray’in sisteminde bitkiler, birbirinden farklı yanları ayrıntılı olarak anlatıldıktan sonra, ortak özelliklerine göre gruplara ayrılıyordu. Bu da bitkilerin akrabalıkları konusunda açık bir fikir veriyordu.