Uygur Devleti (744-840): Orhun ve Selenga bölgesinde yaşayan Uygurlar, Çin kaynaklarına göre Asya Hunları’nın soyundan gelmektedir. Karluk ve Basmil boyları ile birlikte II. Kök Türk Devleti’ne son vererek 744 yılında Kutluk Bilge Kül Kağan, merkezi Karabalgasun olan bağımsız Uygur Devleti’ni kurmuştur (Harita 1.5.). Kutluk Bilge Kül Kağan ölümünden sonra yerine oğlu Moyen Çor geçti. Hükümdarlığı döneminde devletin sınırları batıda Siri Derya (Seyhun) Nehri boylarına kadar uzanmıştır. Moyen Çor’dan sonra devletin başına geçen Bögü Kağan, Mani dinini kabul etmiştir. Mani dini Uygurların yaşam tarzının değişmesine yol açmış; hareketsizliğe, et yememeye, savaş yapmamaya teşvik ederek onların savaşçı özelliklerinin zayıflamasına neden olmuştur ancak Uygurların bilim, sanat ve edebiyattaki ilerlemelerine etki etmiştir. Kırgızlar, 840’ta Uygur Devleti’ne son vermiştir. Bu tarihten sonra ülkelerinden göç etmek zorunda kalan Uygurlar, zamanla gittikleri yerlerde yeni devletler kurdular. Çin’in kuzeyine göç eden Sarı (Kansu) Uygurlar 1226 da Moğolların egemenliğine girdiler. Sarı Uygurlar günümüzde Kuzeybatı Çin’de yaşamaya devam etmektedir.
Göçler sırasında Doğu Türkistan’a gelen diğer bir grup Uygur; Beşbalık, Turfan, Hoça ve Kaşgar’ı içine alan Turfan Uygur Devleti’ni kurdu. Bu devlet, Orta Asya’nın ticaret yolları üzerinde olduğu için ekonomik olarak zenginleşti. Bununla birlikte kültür ve sanat alanında da gelişti. 1209’da Cengiz Han’a bağlandı. Turfan Uygurları, günümüzde Çin’e bağlı Sincan Uygur Özerk Bölgesi’nde yaşam mücadelesi vermektedirler.