Şemseddin 1390 yılında Şam’da doğdu. Çocuk yaşlarında geldiği Amasya’da iyi bir din ve tıp tahsili gördükten sonra hayatına medrese müderrisi olarak devam etti. Ardından Ankara’ya gelerek Hacı Bayram’a bağlandı ve onun müridi oldu. Bu bağlılık onun Edirne’de Sultan II. Mehmed ile tanışmasına vesile oldu. Bu arada İstanbul’u fethe hazırlanan Sultan II. Mehmed kendisinin manevi katkılarıyla bu süreçte yanında bulunmasını istedi. Uzayıp giden fetihte Sultana yazdığı gayret ve sabır göstermesini istediği mektup büyük etki uyandıracaktı. İstanbul alınınca Ayasofya camiye dönüştürüldü ve burada ilk Cuma namazında hutbeyi okudu.
Kendisi aynı zamanda devrin şöhretli bir hekimiydi. Tıbba dair kitapları vardı. Tarihte ilk kez tıp alanında mikrop meselesinden bahsedecek, hastalıkların bu yolla bulaştığı ve yayıldığını açıklayacaktı. Akşemseddin, bilim’de ve tasavvufta olduğu gibi, tıp ve eczacılık alanında da büyük bir üne sahipti. Fakat kaynaklarda Akşemseddin’in tıp ilmini kimden ve nasıl öğrendiğine dair net bir bilgi yoktur. Bununla alâkalı İskoç oryantalist Elias John Wilkinson Gibb, History of Ottoman Poetry adlı eserinde, Akşemseddin’in tıp alanındaki ilmini, Hacı Bayram Veli ile beraber olduğu yıllarda elde ettiğini kaydetmekte ve kendisinden âlim ve mübarek bir kimse diye söz etmektedir Sadece beden hastalıkların değil, aynı zamandan ruh hastalıklarının da hekimi olan Akşemseddin, ruh hastalıklarını da tedâvi ederdi
Şemseddin bulaşıcı hastalıklar ile ilgili araştırmalarının sonunda vardığı neticeyi şu şekilde ifade etmektedir;
“Hastalıkların insanlarda teker teker peyda olduğunu sanmak hatadır. Hastalık, insandan insana bulaşmak suretiyle geçer. Bu bulaşma ise gözle görülemeyecek kadar küçük, fakat canlı tohumlar vasıtasıyla olur.”
Bu ifadeleriyle Şemseddin, bundan beş yüzyıl önce mikrobun tanımını yapmış oluyordu. Pasteur, aynı neticeye teknik imkânlar elinde iken Şemseddin’den dört yüzyıl sonra varabilmiştir. Buna rağmen mikrop teorisi, bilim tarihinde Pasteur’a mal edilmiştir.
Sonuçta mikroba mikrop diyenler tarihe geçmiş kendisi ise bu konuda yalnız söylemleri ile kalmıştır.
Asıl adı Şemseddin Muhammed olan, Fâtih Sultan II. Mehmed’in hocası, mutasavvıf, âlim-tabip ve şair bu ulu zatı bizler Akşemseddin olarak tanıyoruz. 1459 yılında Şubat ayı sonuna doğru Göynük’te vefat etmiştir. Türbesi halen ziyaretgâhtır. Allah rahmet eylesin.
