Sindirim enzimleri içeren zarla çevrili bir kesedir. Lizozom oluşumunda sırasıyla ribozom, granüllü endoplazmik retikulum ve golgi cisimciği görev alır. Ribozomda üretilen enzimler, endoplazmik retikulum ile golgiye getirilir ve burada paketlenerek kesecikler halinde sitoplazmaya bırakılır. Bu enzimler protein, yağ, polisakkarit ve nükleik asit gibi dört farklı makromolekülü hidroliz edebilme özelliğine sahiptir.
- Lizozomal enzimler pH ‘ı 5 olan asidik ortamda optimum faaliyet gösterirler. Eğer birkaç lizozom parçalanır ya da içerdiği enzimler dışarı sızarsa, bu enzimler nötral pH’daki sitozolde görev yapamazlar. Ancak yaşlanan ya da ölen hücrelerde birçok lizozom birden parçalanır. Serbest kalan lizozom enzimleri hücreyi parçalar. Bu olaya otoliz denir.
- Amip gibi bazı tek hücreli canlılar polimer besinleri fagositoz ile yutarlar. Bu yolla oluşan besin kofulu lizozom ile kaynaşır ve sindirim enzimleri koful içindeki besinleri parçalar. Glikoz ve amino asit gibi sindirim ürünleri sitozole geçer. İnsanda bazı akyuvar hücreleri bu yöntemle vücudumuza giren zararlı mikroorganizmaları yok eder.
Lizozomlardaki hidrolitik enzimler, hücrenin kendi organik materyalinin geri dönüşümü içinde kullanılır. Bu yıpranan bir organel ya da küçük bir sitozol parçasının lizozom tarafından yutulup parçalanması ile gerçekleşir. Bu olaya otofaji denir. Otofaji sırasında lizozom enzimleri yuttukları maddelerin çevresindeki zarı yok eder ve açığa çıkan organik monomerler yeniden kullanılmak üzere sitozole geri döner. Böylece hücre kendini sürekli yeniler. Örneğin insan karaciğer hücreleri, makromoleküllerin yarısını her hafta yeniden dönüştürürler.
Hücrelerin kendi lizozomları tarafından programlı olarak yıkılması, çok hücreli organizmaların gelişiminde önemli bir rol oynar. Örneğin insan embriyosunun ellerinde bulunan perdeler lizozomlar tarafından sindirilir. Kurbağa yavrularının ergin kurbağaya dönüşümü sırasında kuyrukta bulunan hücrelerin lizozomları, bu hücreleri parçalar.