Ortaçağ Türk-İslam dünyasında bilim ve düşünce hayatının merkezleri ve dönemin en önemli resmî eğitim öğretim kurumları, medreselerdi. Medreselerde, zannedildiği gibi, sadece dinî eğitim yapılmıyordu; medreseler, gerek İslami ilimlerin gerekse zamanın müspet fen ilimlerinin okutulduğu (tıp, astronomi, felsefe, matematik, tarih gibi) bugünkü lise ve üniversite düzeyinde eğitim verilen yerlerdi.
Nizamülmülk, ehlisünnet anlayışınca sapkın görülen fırkalarla, özellikle Batınilikle mücadele etmiştir. Bağdat, Belh, Nişabur, Isfahan, Basra ve Musul’da kendi adı anılan Nizamiye Medreseleri’nin kurulmasını sağlamıştır. Nizaâmülmülk bu medresenin inşâsı için 200 bin dirhem harcamış, medresenin üzerine adını yazdırmış, etrafına pazar, hamam, depo v.s. yaptırıp bunları medreseye vakfetmiştir. Medreseler, sadece dini eğitim öğretim vermek için değil; devlete memur, bürokrat, idareci ve âlim yetiştirme amacı ile de kurulmuşlardır. Nizâmülmülkün emriyle kurulan Nizamiye Medreseleri’nde Şâfiî Sünniliği hakimdi. Böylece Selçuklu İmparatorluğu topraklarında Şiilere özellikle İsmaililere karşı kurulan bu medreseler Sünniliğin sağlam temellere oturtulmasını sağlamıştır. Meşhur alim İmam Gazali, 1091- 1095 yılları arasında, Nizamülmülk’ün daveti üzerine Bağdat – Nizamiye medresesinde başmüderris (eğitimci ve başöğretmen) olarak çalışmıştır.
Nizamiye medreseleri, devlete bağlı olarak, parasız eğitim veren, öğrencilerin tüm ihtiyaçlarının devlet ve vakıflar tarafından karşılandığı medreselerdir. Zamanla, darülhadisler (hadis eğitimi veren medreseler) ve darüttıblar (tıp eğitim veren medreseler) gibi, belirli alanlarda eğitim veren ihtisas medreseleri de ortaya çıkmıştır. Bu medreseler, sadece ilgili oldukları alana yönelik eğitim vermekte idiler. Medreselerin yakınına kütüphane, öğrenciler için yatakhaneler ve yemekhaneler inşa edilir; öğrencilere, karşılıksız burs verilirdi. Öğrenciler koşu, cirit, güreş, yüzme gibi spor eğitiminin yanında; hat, nakkaşlık, oymacılık, tezyinat gibi sanat ve musiki eğitimi de görmekte idiler.
