• Tanı doğru olmayabilir.
• Bakteri seçilen ve kullanılan ilaca istenen ölçüde duyarlı olmayabilir.
• Önceden duyarlı olan bakteri daha sonra ilaca direnç kazanmış olabilir.
• Dirençli veya duyarsız bakteri, maya, mantar ile süperenfeksiyon ortaya çıkabilir.
• Yangı, doku döküntüleri ve yıkıntıları, apse sebebiyle, ilaç hastalık odağına iyi nüfuz edemeyebilir.
• Özellikle bakterilerin üremesini gelişmesini engelleyen ilaçların kullanılması durumunda, bağışıklık sistemi yetersiz kalabilir.
• Vücudun pH’sı ve oksijenlenmesinde değişme sonucu kullanılan ilacın etkinliği de değişebilir.
• Uygulama yolu ve kullanılan doz yanlış seçilmiş olabilir; doz yetersiz kalabilir.
• Kullanılan antibiyotik veya antibiyotiklerle diğer ilaçlar arasında ters etkileşme bulunabilir. • Destekleyici uygulama yetersiz kalabilir.