Kıbrıs’ın büyük bir bölümünü kaybeden Venedik, Osmanlı Devleti ile gizliden gizliye barış görüşmeleri yürütüyordu ancak 1571 Nisan’ında Venedik, Osmanlı Devleti ile barış yapmaktan vazgeçti. Hızlanan diplomatik görüşmeler sonunda papalık, İspanya ve Venedik’in katıldığı haçlı ittifakı oluşturuldu. Haçlı donanması Osmanlı donanması üzerine harekete geçti. Osmanlı donanması kaptanıderya Müezzinzâde Ali Paşa komutasında Kıbrıs yakınlarında İnebahtı’ya ulaştı. Haçlılar Osmanlı donanması ile İnebahtı’da karşılaşmaya karar verdiler. Don Juan komutasındaki haçlı donanması ile Osmanlı donanması İnebahtı Körfezi önlerinde karşılaştı. Haçlı donanması 243 gemi, 37.000 askerden oluşurken Osmanlı donanması 230 gemi ve 25.000 askerden oluşmaktaydı. Haçlılar, İnebahtı önlerinde Osmanlı donanması karşısında üstünlük sağladılar (Görsel 1.9).
İnebahtı Deniz Muharebesi’nde Osmanlı donanmasının büyük bir kısmı yok edilmiştir. 190 Osmanlı gemisi batmış veya haçlıların eline geçmiştir. Kaptanıderya Müezzinzâde Ali Paşa ve yüzlerce Osmanlı amirali şehit düşmüştür. Donanmamızdaki 20.000 asker şehit olurken 3845 asker Haçlılara esir düşmüştür.
İnebahtı Deniz Muharebesi Osmanlı Devleti’nin denizlerde uğradığı ilk büyük yenilgidir. Osmanlı Devleti yeni bir donanma hazırlıklarına başlamıştır. Uluç Ali Paşa 28 Ekim 1571 tarihinde Cezayir Beylerbeyliği ile birlikte kaptanıderyalığa getirildi. Venedik, İnebahtı Deniz Muharebesi’nin ardından Osmanlı yönetiminin niyetini anlamak ve kendi lehlerine barış antlaşması yapmak için İstanbul’da bulunan elçisini görevlendirmiştir. Venedik elçisi Barbaro ile Sokullu Mehmet Paşa arasında görüşmeler yapılmıştır. Sokullu, elçiye “Sizden bir krallık yer almakla, bir kolunuzu kesmiş olduk. Siz ise donanmamızı mağlup etmekle sakalımızı tıraş ettiniz. Kesilmiş bir kol yerine gelmez, ama tıraş edilmiş sakal evvelkinden daha gür çıkar.” cevabını vermiştir. 1571 yılının kış ayları donanma için hazırlık yapmakla geçirildi.
Anadolu’nun birçok bölgesinden gemi yapımı için gerekli malzemeler tersanelere gönderildi. 13 Haziran 1572 tarihinde 20.000 asker konulmuş 250 kadırgadan oluşan Osmanlı donanması Kılıç Ali Paşa komutasında denize açılmıştır. Osmanlı Devleti’nin İnebahtı Deniz Muharebesi’nin ardından 250 kadırgalık yeni bir donanma hazırlamış olması düşmanlarının gözünü korkutmuştur. Donanmanın hazırlanmasının ardından Venedik ile Osmanlı Devleti arasında 7 Mart 1573’te antlaşma imzalanmıştır.